Si la versión de PHP de tu domino está configurada para correr PHP FastCGI, las funciones PHP flush(), ob_flush(), y ob_implicit_flush() no funcionarán como se espera.
Por defecto, la salida se almacena en un búfer a un nivel más alto que PHP (específicamente, por el módulo Apache mod_deflate el cual es similar en función/forma a mod_gzip).
Solución
Si necesitas una salida sin búfer, debes usar CGI (en lugar de FastCGI) al seleccionar la versión de PHP del sitio, o contactar a soporte y pedir que mod_deflate se deshabilite en tu sitio.